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【盘点】Label-free近期高分文献汇总

信息来源：金开瑞 作者：genecreate 发布时间：2019-05-17 08:50:43

非标定量法（Label-Free）是一种非常重要的质谱定量方法，通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化。该技术操作简单，无需昂贵的同位素标签做标记，可用于大规模数量样本检测，从而广受科研工作者的推崇。
近年来，应用Label-free技术的文献数量一直呈上升趋势，出现在Nature、Cell等顶级刊物上的文章也层出不穷，且表现出大规模样品蛋白质组学多用Label-free技术的态势。
这里，小编为大家盘点了几篇近期发表使用Label-free定量蛋白质组学方法的高分文献，供大家参考。
Proteomics identifies new therapeutic targets of early-stage hepatocellular carcinoma. Transplantation. 2019 May.
 
该研究通过对中山医院手术切除的肝细胞癌及配对癌旁组织进行蛋白组学和磷酸组学分析，提出早期肝细胞癌的蛋白质组学分层方法，并发现一种称作甾醇O-酰基转移酶1（SOAT1）其表达水平与肝癌患者较差的预后密切相关。研究从蛋白组学角度发现可疑肿瘤相关蛋白，找到了肝细胞癌精准治疗的潜在新靶点，为发展新型抗癌药物提供了重要基础。
NUFIP1 is a ribosome receptor for starvation-induced ribophagy. Science. 2018 May. 
 
mTORC1和AMPK作为主要代表的能量感受调节器，和溶酶体具有非常亲密的联系。本研究对快速分离的溶酶体进行定量蛋白质组分析，发现营养水平和mTOR可对溶酶体蛋白质组进行动态调节。抑制mTORC1后，NUFIP1重分布到自噬体和溶酶体，并与核糖体相互作用，通过与微管相关蛋白1A/1B轻链3的直接结合将其转运到自噬体从而使其降解，提示NUFIP1是选择性核糖体自噬的受体。
A Map of Protein-Metabolite Interactions Reveals Principles of Chemical Communication. Cell. 2018 Jan.
 
作者利用一种新的方法“组学（omics）---相互作用组学（interactomics）”来发现细菌细胞中的蛋白和小的代谢分子之间之前未知的相互作用，为现有的“组学”增加了另一个层次。他们首次在全蛋白质组水平上系统地分析和定量确定所有蛋白与代谢物（小的代谢分子）之间的相互作用，并建立它们之间的关系。这项研究可以用于测试药物与细胞蛋白之间的相互作用并确定药物的作用靶标，从而促进和加速新药的测试和开发。
Prospective Isolation and Characterization of Genetically and Functionally Distinct AML Subclones. Cancer Cell.. 2018 Oct
 
为解决肿瘤治疗中克隆进化所导致的肿瘤异质性，作者对原发性急性髓系白血病(AML)样本进行了label-free定量蛋白质组学研究，鉴定出50个白血病浓缩的质膜蛋白，从个体患者中分离出基因上不同的亚克隆。通过RNA测序、DNaseⅠ超敏位点定位、转录因子占位分析、体外培养和异种移植物移植，发现亚克隆在调节表型、药物敏感性、生长和植入行为等方面存在差异，可以用于识别和纵向跟踪患者在常规诊断中的不同的白血病克隆。
Proteomics reveals signal peptide features determining the client specificity in human TRAP-dependent ER protein import. Nat Commun. 2018 Sep.
 
本文通过SiRNA技术在人细胞中构建Sec61和TRAP敲除细胞模型，通过Label free 蛋白组学技术分析差异蛋白，寻找TRAP依赖性多肽，并在细胞模型和CDG病人细胞中进行WB和qPCR验证。结果发现6种潜在TRAP-依赖性client（ACP, PPIC, TMED5, Dad1, Ost48, Stt3b）和2种额外前体蛋白（Calreticulin, Sil1）。而TRAP作为一种ER胞质面膜受体，信息传递给Sec61a开启Sec61通道，协助这些蛋白完成ER转运。
A time-resolved multi-omic atlas of the developing mouse stomach. Nat Commun. 2018 Nov.
 
作者描绘了小鼠胃发育过程蛋白质和 mRNA 水平全景图，确定了胃发育过程中三个不同阶段。将蛋白质组学和转录组学数据结合在一起，检测和验证可能对胃发育有根本影响的可变剪接转录本。通过比较胃发育的蛋白质组学特征与弥漫型胃癌的蛋白质组学特征，发现显著数量的途径调节因子，特别是在DGC中上调或经常突变的转录因子，在胃发育期间也差异表达，证明了胃癌和胃发育之间存在相关性。
Quantitative metaproteomics of medieval dental calculus reveals individual oral health status. Nat Commun. 2018 Nov
 
该研究通过运用宏蛋白质组学的方法，对丹麦Tjærby墓地考古发掘出的21个个体的牙菌斑进行了分析，鉴定和量化其中的人体、细菌和膳食蛋白质。研究显示，特定的蛋白特征可以区分健康个体和更易罹患口腔疾病的个体。这一结果表明宏蛋白质组学有助于对古代人群的人体健康实现更全面的重建。
Spatiotemporal  changes  of  the  phagosomal  proteome  in  dendritic  cells  in  response  to  LPS stimulation. Mol Cell Proteomics. 2019 Feb.
 
本研究采用label-free定量蛋白质组学的方法测定脂多糖(LPs)刺激骨髓源性DCS的变化，从而研究DC噬菌体成熟过程中蛋白质组学变化。发现LPS处理的DCS中吞噬细胞成熟所涉及的蛋白质含量降低， 同时新发现了一些与DCS的活化状态有关的蛋白质。该研究全面的概述了DCS在LPS的刺激下如何改变其吞噬体的组成，这对启动有效的免疫反应有深远的影响。
The Old and the New: Discovery Proteomics Identifies Putative Novel Seminal Fluid Proteins in Drosophila. Mol Cell Proteomics. 2019 Mar.
 
作者应用label-free定量蛋白质组学技术，对黑腹果蝇近亲果蝇的副腺蛋白组和分泌体进行了鉴定，并利用该数据集对已知的和推测的精浆蛋白（SPFs）进行了鉴定。结果鉴定出163个推测的SFPs，其中32%与黑腹果蝇已鉴定的SFPs重合，表明已知胞外注释的SFPs比由副腺产生或包含在副腺内的其他蛋白质进化得更快。该研究结果将进一步了解SFPs的进化和介导两性生殖健康的潜在男性附属腺蛋白。
Investigating Lactococcus lactis MG1363 Response to Phage p2 Infection at the Proteome Level. Mol Cell Proteomics. 2019 Apr.
 
本研究使用无标记定量蛋白质组学技术Label-free来揭示乳酸乳球菌MG1363在噬菌体p2感染过程中的蛋白质组类型，在不同的感染阶段表征细菌和病毒蛋白质组，并使用CRISPR-Cas9技术选择特定的细菌基因进行敲除，以研究它们参与噬菌体复制的过程。这种高通量和基于发现的研究提供了蛋白质组水平的噬菌体感染的全面视图，为将来研究噬菌体-宿主相互作用铺平了道路。
 
 
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