4D DIA定量蛋白组
- 数据非依赖采集
- 数据无关质谱采集
- 多维液相色谱
- 全面鉴定
- 蛋白质组学
服务特色
4D DIA用于蛋白质组学研究中的定量分析，它结合了数据非依赖的质谱采集和多维液相色谱技术，可以实现更高的鉴定覆盖率和定量精度，从而全面鉴定和定量复杂样品中的蛋白质。
服务介绍
数据非依赖采集 (Data independent acquisition,DIA)，是在传统的DDA（Data Dependent acquisition）数据依赖性采集模式基础上发展起来的一种全新的、全景式的质谱数据采集方式，DIA采集模式能够将扫描区间内所有的肽段母离子经过超高速扫描并进行二级碎裂，从而获得完整的肽段信息。极大的提高了样品的重复性和鉴定度，解决了shot-gun鉴定较低重复度的缺点。
服务优势
- 最新times TOF Pro 4D质谱系统，低丰度蛋白鉴定更灵敏；
- 运用先进的DIA-NN深度神经网络算法，超越目前主流软件的解析能力；
- 无库DIA系统，几乎达到建库DIA相同的效果，成本大幅降低；
- 依赖先进的软硬件体系，血液样本不去高丰度也可得到良好结果。
客户提供
需鉴定的样品；
样品信息单：需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息。
最终交付
- 实验报告一份，含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果（生物信息学分析）。
- 生物信息学分析内容包括：
- DIA定量：根据二级碎片离子的全扫描结果实现二级离子的定量，DIA结果可靠性分析，差异表达分析，层次聚类，PCA分析等；
- 蛋白质功能注释：包括GO注释、COG分类和KEGG Pathway分析；
- 差异蛋白功能富集：包括GO富集、Pathway富集；
- 差异蛋白网络互作：基于STRING 数据库的PPI分析，基于Cytoscape的可视化展示。
服务说明
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平台 |
产品类型 |
项目周期 |
技术指标 |
样本数量（单次送样个数） |
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3D平台 |
DIA-定量蛋⽩质组 |
30个自然日 |
混样上机，建DDA⽂库，默认6个溜分，1.5h⾼精度质谱分析，单个样本分别采⽤DIA⽅式上机，默认单个溜分，默认不建库策略，1h⾼精度质谱，DIA模式上机，DIA-NN深度神经算法分析。 |
<20 |
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20≤X≤50 |
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>50 |
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4D平台 |
50个自然日 |
tims TOF pro， 混 样 上 机 ， 建DDA文库，默认6个溜分，1.5h⾼精度质谱分析，单个样本分别采⽤DIA⽅式上机，默认单个溜分，默认不建库策略，1h⾼精度质谱，DIA模式上机，DIA-NN深度神经算法分析。 |
<20 |
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20≤X≤50 |
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>50 |
案例展示
相关资源
1、DIA（数据非依赖采集）对比 DDA（数据依赖采集）的区别
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技术升级点 |
DIA |
DDA |
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数据采集方式 |
同时采集所有离子片段，不预先选择离子片段 |
仅选定预先设定的前体离子进行采集，无法覆盖所有可能的离子片段 |
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质谱扫描 |
多个时间窗口内同时进行全扫描，获得更全面的数据 |
单个时间窗口内选定前体离子进行排序扫描，限制了信息深度和覆盖度 |
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离子片段选定 |
数据无关，无需提前设定前体离子，覆盖面更广 |
数据依赖，预先设定前体离子，可能会错过低丰度或未设定的蛋白质 |
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蛋白质鉴定数量 |
高通量，可鉴定大量蛋白质，尤其适用于复杂样品 |
受限于前体离子选择，可能无法鉴定低丰度蛋白质 |
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定量精度 |
高，能够准确定量多个离子片段 |
受前体离子选择和排列影响，定量精度可能较低 |
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生物标志物研究 |
适用于生物标志物的发现和验证，提供更全面的生物标志物信息 |
仅适用于较高丰度生物标志物的鉴定，可能无法鉴定低丰度的生物标志物 |
综上所述，DIA技术在质谱技术的升级中带来了重大的突破，通过数据无关采集方式和多维液相色谱的结合，能够实现更全面、高通量的蛋白质组学分析，特别适用于复杂样品的研究和生物标志物的发现。相较之下，DDA技术虽然已经成熟，但在鉴定低丰度蛋白质和提供全面蛋白质组学信息方面有一定局限性。
2、4D DIA技术的应用领域
● 蛋白质组学分析：4D DIA技术可用于鉴定和定量复杂样品中的蛋白质。它能够提供更全面、准确的蛋白质组学信息，帮助揭示细胞功能、信号通路调控以及疾病机制等。
● 翻译后修饰分析：4D DIA技术适用于研究蛋白质翻译后修饰，如磷酸化、甲基化、糖基化等。通过蛋白质鉴定和定量，可以揭示修饰在蛋白质功能和调控中的重要作用。
● 生物标志物研究：4D DIA技术在生物标志物的发现和验证方面具有潜在应用价值。通过比较病例组和对照组的蛋白质组，可以鉴定和验证潜在的生物标志物，为疾病的早期诊断和治疗提供指导。
● 药物研发和药效评估：4D DIA技术在药物研发和药效评估中有重要应用。可以通过定量蛋白质组学分析，研究药物的作用机制和效应靶点，辅助药物筛选和优化。
● 细胞信号传导研究：4D DIA技术可用于研究细胞信号通路中的蛋白质相互作用和修饰，探究细胞内信号传导的调控机制。
● 代谢组学研究：4D DIA技术可以与代谢物组学相结合，实现蛋白质组和代谢物组的全面分析，深入了解代谢途径和代谢调控。
● 微生物学研究：4D DIA技术在微生物学研究中可以用于鉴定微生物菌株的蛋白质组成和蛋白质修饰，探索微生物代谢途径和生物学功能。
3、4D DIA技术能够检测的样本类型及说明
● 细胞系和组织样本：4D DIA技术适用于细胞系和组织样本的蛋白质组学研究。细胞系样本通常来自于不同细胞类型或处理条件下的细胞，而组织样本可以是动植物组织，用于研究特定生理或病理状态下的蛋白质组成。4D DIA可以帮助鉴定和定量样品中的蛋白质，揭示细胞和组织的功能和调控机制。
● 体液样本：4D DIA技术适用于分析体液样本，如血液、尿液、脑脊液等。这些样本中的蛋白质可以作为生物标志物，用于诊断、预测和监测疾病。通过4D DIA技术，可以全面、高通量地分析体液样本中的蛋白质组成，寻找潜在的生物标志物。
● 蛋白质修饰样本：4D DIA技术适用于分析蛋白质上的各种翻译后修饰，如磷酸化、甲基化、糖基化等。这有助于了解修饰在蛋白质功能和调控中的作用。通过4D DIA，可以全面地分析样品中的蛋白质修饰，并研究修饰对蛋白质功能的影响。
● 微生物样本：4D DIA技术也可以用于微生物学研究，包括细菌、病毒、真菌等微生物的蛋白质组学分析。这有助于深入了解微生物的代谢途径、生物学功能和与宿主相互作用等。4D DIA在微生物样本中的应用有助于揭示微生物的生物学特性和致病机制。
● 蛋白质复合物样本：4D DIA技术可用于富集和分析蛋白质复合物样本。蛋白质复合物是由多个蛋白质组成的高度有序结构，参与各种细胞功能，通过4D DIA可以揭示复合物的组成和相互作用关系。这有助于研究蛋白质复合物的功能和调控机制。
● 外泌体和微量样本：4D DIA技术也适用于微量样本的蛋白质组学研究，包括外泌体等微量生物体液。外泌体是一类细胞分泌的小囊泡，携带有丰富的蛋白质、核酸和脂质，参与细胞间的信息传递和调控。4D DIA在微量样本中的应用具有高度的灵敏度和高通量特点，能够获得丰富的蛋白质信息，为了解微量样本的蛋白质组成和功能提供有力支持。
