实验原理
RNA pull-down是研究细胞内RNA与蛋白/RNA结合情况的技术。先将RNA进行标记(如生物素标记),再与细胞裂解液共同孵育,从而形成RNA-RNA/蛋白质复合物,进而检测与之结合的RNA或蛋白质。复合物洗脱后,通过荧光定量PCR(RNA pull down-QPCR)或高通量测序(RNA pull down-seq)方法来鉴定目标RNA是否与某些RNA分子相互作用,通过Western blot(pull down-WB)实验和质谱(pull down-MS)技术检测目标RNA是否与某些蛋白相互作用。
产品优势
• 特异性：磁珠背景噪音低；无关 RNA 或突变 RNA 不会显著影响特定 RBP 的富集。
• 超高灵敏度：可检测低丰度RNA及弱相互作用蛋白，适用于珍贵样本（如临床活检、单细胞样本）。
应用范围
RNA-蛋白质互作研究：
• 发现新型RNA结合蛋白：捕获特定RNA（mRNA、lncRNA、circRNA等）的相互作用蛋白，揭示未知调控网络。
• 验证已知互作：精准检测目标RNA与候选蛋白（如转录因子、酶）的物理结合，支撑机制研究
• 非编码RNA功能解析和生物标志物挖掘
实验流程
试剂盒组分
常见问题与解答
Q1: 实验全程如何预防RNA降解？
实验使用的所有试剂耗材需经过去RNA酶处理。
Q2：RNA pull-down⼀定要体外转录合成RNA探针吗？
体外转录只是获得RNA的⼀种⽅式，相比化学合成纯度更高。所以pull-down实验⼀般是体外转录得到目的RNA。当目的RNA序列大于2000bp时体外转录就不太容易转录成功，这时我们可以设计合成⼀小段目的RNA探针，通过探针与目的RNA结合，再与蛋白结合，便可绕过这个问题。
Q3：RNA在转录出来后，其OD⼀般都不高，可以使用吗？如何定量呢？
OD值不高可进行RNA纯化，即便不纯化在实验中多加⼀些RNA亦可。而定量问题⼀般会进行琼脂糖凝胶电泳检测，可以根据marker浓度来判断RNA的浓度。也可以用仪器测量RNA的浓度，但通过体外转录得到的RNA浓度都能达到2μg/uL以上。并且pull-down实验不需要精确的定量，都会加入过量的探针。
Q4：关于样本处理，细胞或者组织裂解时要不要加蛋白酶抑制剂或RNA酶抑制剂？还需要进行其他处理吗？操作过程中需要注意什么？
细胞裂解需要加⼊蛋白酶和RNA酶抑制剂，最好能够进行超声处理。另外裂解蛋白的全程尽量在冰上操作。
Q5：lncRNA引物设计有什么注意事项？或者说与普通的引物设计有什么区别？
体外转录扩增的引物只需要在正向引物5’端加⼊T7启动子序列即可。
Q6：质谱鉴定的蛋白主要是依据打分来进行筛选？这个筛选多少分算有效？
pull-down富集蛋白质谱分析后会剔除不可信蛋白，交付的都是可信蛋白，没有明确的打分。需要排序的话⼀般是根据鉴定蛋白特征性肽段的数目作为参考。
Q7：做lncRNApull down+质谱⼀般都会发现多个互作蛋白对吗？如何选择哪一种蛋白继续研究下去？
不同的RNA结合蛋白数量不等，根据实际鉴定的蛋白进行筛选；筛选的原则是根据自己研究的方向或相关功能确定这类蛋白。
