EMSA

EMSA

  • 核蛋白提取
  • 验证型EMSA
  • 竞争型EMSA
  • 超迁移EMSA
  • RNA/DNA结合蛋白

服务特色

金开瑞提供EMSA检测技术服务,帮助您检测DNA结合蛋白、RNA结合蛋白、特定的蛋白质。

服务介绍

凝胶迁移或电泳迁移率检测(Electrophoretic Mobility Shift Assay,EMSA)是一种检测蛋白质和DNA序列相互结合的技术,可用于定性和定量分析。目前已用于研究DNA结合蛋白和特定的DNA序列的相互作用,是转录因子研究的经典方法。

验证型EMSA

⽤于验证探针是否含有可与蛋⽩质结合的位点。将结合位点突变,以突变探针为对照,野⽣型探针出现迁移条带,⽽突变探针未出现迁移条带,则说明该探针含有可与蛋⽩质结合的位点。

竞争型EMSA

探针序列不变,不含修饰基团的探针称为冷探针。冷探针与标记探针竞争性地与蛋⽩结合,冷探针不显影出迁移条带。以冷探针为对照,标记探针出现迁移条带,⽽冷探针迁移条带减弱或消失,则排除了假阳性⼲扰,增加实验结果准确性。

超迁移EMSA

使⽤⽬标蛋⽩的特异性抗体,蛋⽩-探针复合物被抗体识别并结合,该三聚复合物在凝胶电泳中,迁移速率再次增⼤,出现在蛋⽩-探针复合物的上⽅的超迁移条带,验证了探针与⽬的蛋⽩的特异性结合。

服务优势

  • 直接测定蛋白质与核酸的相互作用,提供定性和定量信息。
  • 可用于研究多种类型的相互作用,如特异性结合、非特异性结合、序列特异性等。
  • 技术简单,实验操作相对容易。
  • 可以使用不同的标记方法和检测技术进行适应不同实验需求。

服务流程

接收订单及样品
实验设计
合成探针
EMSA电泳凝胶配置
EMSA反应
电泳检测
显色反应
结果交付

客户提供

需提取核蛋白的细胞>10^7,动物组织不少于400 mg,植物组织不少于2 g,建议客户在金开瑞表达重组蛋白;

探针序列;

如使用结合蛋白特异性抗体,抗体50 μL以上,浓度大于0.5 mg/mL。

服务说明

特别说明:

▶ EMSA亦可⽤于研究RNA结合蛋⽩和其相关RNA序列的相互作⽤ 

▶ 如需要做超迁移,需提供IP级别的抗体

▶ EMSA与酵⺟单杂交,可共同验证同⼀个问题
 

服务名称 服务内容 交付内容及标准 服务周期(工作日)
DNA探针标记 探针标记及合成  (≤59bp) 探针退火最少1次  (1组探针退火1次) 7-10
探针标记及合成  (60bp-300bp) 蛋白孵育最少1次 12-16
RNA探针标记 探针标记及合成  (<60bp) 探针标记 7-10
EMSA EMSA 10个泳道(包含阴性和阳性对照) 10

案例展示

相关技术服务

● 修饰/标记引物           ● 双荧光素酶报告系统          ● 酵母单杂交

● CO-IP                       ● RNA pull-down                ● RIP-qPCR

● DNA pull-down       ● ChIP-qPCR                        ● 酵母单杂交

● CUT&Tag

相关资源

1、EMSA的实验步骤

    ▶ 准备蛋白质和核酸:获得目标蛋白质和相应的DNA或RNA探针。蛋白质可以是纯化的重组蛋白质或细胞提取物。

    ▶ 准备核酸标记:对DNA或RNA探针进行标记,常见的标记方式包括放射性标记(例如32P或35S)或非放射性标记(例如荧光标记或生物素标记)。

    ▶ 反应混合:将标记的核酸探针与蛋白质样品混合,添加反应缓冲液,包括缓冲盐、非特异性竞争物和非特异性DNA或RNA。

    ▶ 反应进行:将反应混合物在适当的温度和时间下孵育,以促使蛋白质与核酸结合形成复合物。

    ▶ 电泳:将反应混合物加载到聚丙烯酰胺凝胶电泳槽中,进行电泳分离。在非变性条件下进行电泳可以保持蛋白质与核酸的结合。

    ▶ 凝胶固定和成像:电泳结束后,凝胶固定并进行成像,例如通过放射线照射敏感的凝胶后,通过放射自显影或荧光成像检测标记的核酸探针。

    ▶ 结果分析:分析凝胶图像,观察是否有蛋白质-核酸复合物的形成。蛋白质-核酸结合会导致迁移速度的减慢或带移动位置的改变。

 

2、EMSA的应用

    EMSA(Electrophoretic Mobility Shift Assay)是一种常用的实验技术,用于研究蛋白质与核酸(DNA或RNA)之间的相互作用。它在许多研究领域中得到广泛应用,包括但不限于以下几个方面:

    ● 转录因子研究:EMSA可用于研究转录因子与DNA的结合。通过分析转录因子与特定基因启动子或调控元件的结合能力,可以揭示基因调控网络和转录调控机制。

    ● RNA结合蛋白研究:EMSA可用于研究RNA结合蛋白(RNA-binding proteins,RBPs)与RNA的相互作用。通过探究RBPs与目标RNA序列的结合,可以了解RBPs在转录后调控、RNA稳定性和翻译调控等过程中的功能。

    ● DNA修复和损伤识别:EMSA可用于研究DNA修复酶和损伤识别蛋白与DNA损伤位点的结合。通过分析这些相互作用,可以深入了解DNA修复机制和DNA损伤应答通路。

    ● 药物筛选和药物靶点研究:EMSA可用于筛选和评估潜在药物分子与特定DNA或RNA序列的结合能力。通过检测药物与靶点的相互作用,可以评估药物的亲和力和选择性,为药物开发和靶向治疗提供重要信息。

    ● 基因调控网络研究:EMSA可用于研究基因调控网络中的转录因子与调控元件之间的相互作用。通过分析转录因子与特定启动子或增强子序列的结合,可以揭示基因调控网络的结构和功能,以及转录因子在调控基因表达中的作用。

    ● 疾病相关基因的功能研究:EMSA可用于研究与疾病相关的基因的功能调控。通过分析疾病相关基因的启动子、增强子或调控元件与转录因子的结合,可以了解这些基因的调控机制和与疾病相关的功能变化。

 

3、蛋白质与核酸之间的相互作用有哪些,常用哪些技术去检测?

    ▶ 蛋白质与核酸之间的相互作用包括转录因子与DNA的结合、RNA结合蛋白与RNA的结合以及其他蛋白质与DNA或RNA的相互作用等。常用的技术用于检测这些相互作用的方法包括:

    ▶ 电泳迁移实验(Electrophoretic Mobility Shift Assay, EMSA):通过电泳迁移分析蛋白质与DNA或RNA结合的迁移差异。该方法基于蛋白质与核酸结合后形成复合物的迁移速度不同,可定性分析相互作用的存在与否。

    ▶ 共沉淀实验(Co-precipitation Assay):利用特定的亲和剂或抗体富集与目标蛋白质相互作用的DNA或RNA分子。该方法可用于定性和定量分析相互作用的强度和特异性。

    ▶ 免疫共沉淀实验(Immunoprecipitation, IP):利用特定抗体选择性地富集目标蛋白质及其结合的核酸。该方法通过蛋白质-抗体互作用实现蛋白质与核酸的联结,可用于鉴定和定量分析相互作用的蛋白质和核酸分子。

    ▶ 酵母双杂交(Yeast Two-Hybrid, Y2H):通过利用酵母细胞内的转录激活和检测系统,研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用。该方法可用于筛选和鉴定蛋白质-蛋白质相互作用的交互配对。

    ▶ 表面等离子共振(Surface Plasmon Resonance, SPR):通过监测蛋白质与核酸相互作用引起的光信号变化,实时测量它们的结合动力学和亲和力。该技术可提供定量的结合强度、关联和解离速率等信息。

    ▶ RNA pull down:利用特定的RNA分子富集与目标RNA结合的蛋白质。该方法可用于鉴定与RNA相互作用的蛋白质,从而揭示RNA的功能和调控机制。

    ▶ DNA pull down:利用特定的DNA序列富集与目标DNA结合的蛋白质。该方法可用于研究与DNA结合的蛋白质,如转录因子和其他DNA结合蛋白质。

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