ChIP-qPCR

● 双荧光素酶报告系统         ● 酵母双杂交               ● EMSA

● RIP-qPCR                        ● DNA pulldown        ● CoIP 

● RNA pulldown                ● 酵母单杂交               ● CUT&Tag

1、ChIP技术的实验步骤

    ● 交联：将细胞或组织交联，以固定蛋白质与DNA的相互作用。通常使用甲醛进行细胞或组织的交联。

    ● 细胞核提取：将交联后的细胞或组织进行细胞核提取，以获得染色质蛋白质复合物。

    ● DNA剪切：使用限制性酶、酶切酶或超声波等方法将染色质剪切成适当的片段。这样可以将特定蛋白质结合的DNA片段保留下来。

    ● 免疫沉淀：将剪切后的染色质蛋白质复合物与特定抗体进行免疫反应，使蛋白质与抗体结合。这样可以选择性地富集与特定蛋白质结合的DNA片段。

    ● 洗涤：将免疫沉淀复合物进行多次洗涤，以去除非特异性结合的DNA和其他杂质。

    ● 解交联：去除细胞或组织中的交联，使DNA片段恢复到原始的非交联状态。

    ● DNA纯化：从免疫沉淀复合物中纯化富集的DNA片段。这可以通过酚/氯仿提取、柱层析或商业DNA纯化试剂盒等方法完成。

    ● DNA分析：对纯化的DNA片段进行进一步的分析，如定量PCR、实时荧光PCR、测序或芯片芯片分析等。

2、ChIP-qPCR技术的应用

    ● 确定特定转录因子与基因启动子的结合：ChIP-qPCR可以用于验证特定转录因子与目标基因启动子的结合，从而确定转录因子对该基因的调控作用。

    ● 研究表观遗传修饰和染色质状态：ChIP-qPCR可以用于分析特定表观遗传修饰标记（如组蛋白修饰）与染色质区域的结合情况，揭示染色质状态和基因表达调控之间的关系。

    ● 验证转录因子结合位点的功能：通过ChIP-qPCR分析不同转录因子结合位点的富集程度，可以确定这些结合位点在基因调控中的功能重要性。

    ● 研究疾病相关基因的调控：ChIP-qPCR可以用于研究疾病相关基因的调控机制，例如确定转录因子与致病突变基因的结合情况，了解其对基因表达的影响。

3、ChIP-qPCR技术、ChIP-seq和ChIP-chip技术的对比区别