服务介绍
ChIP-seq（Chromatin ImmunoPrecipitation Sequencing）是染色质免疫共沉淀和第二代高通量测序技术的结合，通过组蛋白/转录因子的特异性抗体，将特定的蛋白与DNA复合物沉淀下来。从而获取结合的DNA片段，再通过高通量测序技术，即可获得相应的片段信息。
服务优势
- 项目前后三次质控，保障实验成功率；
- 金开瑞自有抗体生产团队，选择抗体经验丰富；
- 细胞、植物、动物都有大量经验。
服务流程
客户提供
根据《武汉金开瑞表观项目送样指南》提供实验的样品，并提供ChIP级别抗体（公司可以提供选购意见）。
样品信息单：需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息。
最终交付
- 项目报告与数据：
- 测序数据质量评估：过滤掉低质量数据，保证数据质量
- 与参考基因组比对：reads分布及比对结果可视化
- peak峰calling：分析蛋白结合位点
- motif分析：蛋白结合序列的偏好性
- peak峰相关基因注释：寻找蛋白潜在调控基因
- 差异peak分析：分析不同样本间差异peak峰
- 相关基因功能分析：相关基因GO, KEGG富集分析
服务说明
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产品 |
测序数据量 |
平台 |
周期（自然日，提取+测序分析） |
备注 |
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组蛋白ChIP-seq |
8G |
illumina |
45 |
需要组间比较时，每组至少两个生物学重复，每个样本会进行ChIP和Input测序 |
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转录因子ChIP-seq |
6G |
illumina |
45 |
需要组间比较时，每组至少两个生物学重复，每个样本会进行ChIP和Input测序 |
案例展示
常见问题与解析 (Q&A)
通常是≥10ng。随着目前建库技术的不断完善，低至5ng的DNA量也能被建库成功；少数测序公司为了降低自身风险提出20ng的要求，通过可以协商降低该送样要求。尤其是一些转录因子，最终能够捕获的DNA量会很低。
通常是≥10ng。随着目前建库技术的不断完善，低至5ng的DNA量也能被建库成功；少数测序公司为了降低自身风险提出20ng的要求，通过可以协商降低该送样要求。尤其是一些转录因子，最终能够捕获的DNA量会很低。
相关资源
1、ChIP-seq技术的实验步骤：
● 交联与裂解：交联细胞或组织中蛋白质与DNA的相互作用，然后裂解细胞核，释放染色质。
● 免疫沉淀：使用特定抗体对目标蛋白质进行免疫沉淀，富集与该蛋白质结合的染色质片段。
● 反交联与DNA纯化：解除交联，将富集的染色质片段纯化出来。
● 文库构建：对富集的DNA片段进行文库构建，将其转化为可测序的DNA文库。
● 高通量测序：对构建好的DNA文库进行高通量测序，产生数百万个短的DNA序列读数。
● 数据分析：将测序数据进行比对，将序列读数映射到参考基因组上，并根据比对结果寻找与特定蛋白质结合的染色质区域。
2、ChIP-seq技术在基因组学研究中有着广泛的应用，包括但不限于：
● 转录因子结合位点鉴定：ChIP-seq可以帮助鉴定转录因子与基因组上的结合位点，揭示转录因子对基因调控的作用。
● 组蛋白修饰分析：ChIP-seq可以用于检测不同组蛋白修饰在基因组上的分布，如甲基化、乙酰化等，揭示染色质状态和基因表达的调控。
● 基因调控网络研究：ChIP-seq可以帮助构建基因调控网络，找出转录因子和其他调控因子与靶基因的相互作用关系。
● 疾病研究：ChIP-seq可以用于研究特定蛋白质在疾病发生和发展中的作用，如癌症等。
● 药物靶点发现：ChIP-seq可以帮助鉴定新的药物靶点，为药物研发提供新的目标。
3、ChIP-seq数据库资源和网站：
● ENCODE ChIP-seq Data Portal:
ENCODE是一个重要的国际合作项目，其ChIP-seq Data Portal提供了大量的ChIP-seq数据和相关的实验信息。用户可以通过该网站获取不同细胞类型和条件下的ChIP-seq数据。（encodeproject.org/data-standards/chip-seq/）
● GEO - Gene Expression Omnibus:
GEO是一个公共数据库，提供了许多ChIP-seq数据集，包括原始的测序数据和已经分析过的结果。可以通过关键词搜索或浏览数据集来获取感兴趣的ChIP-seq数据。（ncbi.nlm.nih.gov/geo/）
● ChIP-Atlas:
ChIP-Atlas是一个综合性的ChIP-seq数据库，提供了广泛的ChIP-seq数据集和相关的元数据信息。它支持ChIP-seq数据的交互式可视化和数据下载。（chip-atlas.org）
● Cistrome Data Browser:
Cistrome Data Browser是一个基因组调控数据的综合性数据库，包括ChIP-seq数据和相关的基因表达数据，可以用于基因调控网络的研究。（cistrome.org/db/#/）
● UCSC Genome Browser:
UCSC Genome Browser是一个广泛使用的基因组浏览器，它提供了许多公开共享的ChIP-seq数据集，并且可以与其他组学数据进行整合展示。（genome.ucsc.edu/）
● ChIPseeker:
ChIPseeker是一个R包，用于ChIP-seq数据的注释和可视化，可以帮助研究者解释和分析ChIP-seq结果。（bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPseeker.html）
