蛋白胶点、胶条鉴定是目前使用最广泛的蛋白质组学研究手段，用双向电泳(Two-dimensional gel electrophoresis，2-DE)和聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE，Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis）分离蛋白质混合物，收集目的蛋白质胶点和胶条，经胶内酶解后用于质谱分析以获得蛋白质信息。

服务优势

样品简单，容易检测；
目标性强，易于分析；
高准确性、高特异性、项目周期短。

服务流程

接受订单及样品

蛋白点切取

蛋白质酶解

LC-MS/MS

数据解析

结果交付

客户提供

需鉴定的样品（胶粒/条带、液体、干粉）；

样品要求：

样品含量：50-1000fmol (根据检测项目而定)；

胶类样品：考染或银染（未使用戊二醛作为固定剂）；

保存方式：液体建议低温，胶类用去离子水防干；

样品信息单：需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息。

最终交付

实验报告一份，含实验流程、分析过程及数据结果

服务说明

产品类型	项目周期	技术指标
蛋白鉴定	15个工作日	机时60min，默认银染质控

案例展示

常见问题与解析 (Q&A)

Q：对于胶条鉴定，客户更多关注的是样品中蛋白的氨基酸序列，如果数据库中没有该蛋白的氨基酸序列，有没有其它方法来获取蛋白的氨基酸序列？

目前是基于数据库比对结果给出鉴定蛋白的序列信息。如果选择的数据库里没有该蛋白的氨基酸序列，则该蛋白不会被鉴定到。基于从头测序方法（de novo），能够给出一些新肽段的序列信息，但要拼接出该蛋白的全长序列有一定难度。

Q：胶条鉴定的结果中有很多蛋白，怎么确定这些蛋白的含量高低？

胶条鉴定是一种定性分析，不是定量分析。如需要知道蛋白在一个样品中含量高低，可以根据每个蛋白的谱图数量进行粗略估计，谱图数越多，说明该蛋白丰度越高。如要对多个样品的同一个蛋白的含量进行比较，则可选择iTRAQ或者label free法进行相对定量。

Q：胶条鉴定结果中，如何挑选可信蛋白？

在胶条鉴定中，鉴定蛋白的标准是至少含有一个unique peptide，列表中都是鉴定到的蛋白，并给出相应的得分。老师可根据得分，结合分子量、等电点等信息筛选目标蛋白。

Q：胶点鉴定结果与跑出的双向蛋白图谱比较，发现有些蛋白质得分最高的点分子量或等电点与图谱上不对应，相差较大，请问在这种情况下，该如何判断一个胶点中给出的几个甚至十几个点蛋白中哪个蛋白可信度最高？

蛋白质谱鉴定是通过肽段归并到蛋白，因此有些鉴定到的蛋白可能是目标蛋白的同源蛋白或该蛋白的一亚基，而蛋白的人为或天然修饰、降解等情况都会影响该蛋白出现在胶图中的位置。一般来讲，Mascot鉴定得分越高，可信度就越高，其次可以结合分子量、等电点、肽段覆盖率等信息筛选可信度高的蛋白质。

相关资源

1、LC-MS/MS的应用领域

● 蛋白质组学：高通量地鉴定和定量复杂样品中的蛋白质，揭示细胞功能和调控机制，寻找生物标志物和疾病机制。

● 蛋白质互作研究：鉴定蛋白质相互作用关系，构建蛋白质互作网络，深入探究生物过程的调控和信号传导机制。

● 代谢组学：分析代谢产物，了解代谢途径、生物体内代谢状态和代谢相关疾病。

● 临床蛋白质标志物鉴定：鉴定临床样品中的蛋白质标志物，用于疾病的早期诊断、预后评估和治疗监测。

● 蛋白质翻译后修饰研究：鉴定蛋白质的磷酸化、甲基化、乙酰化等翻译后修饰状态，了解修饰对蛋白质功能的影响。

● 药物研发与药效评估：用于药物筛选、药代动力学研究和药效评估，帮助药物研发和优化治疗方案。

● 食品安全：在食品中检测农药、兽药残留，以及食品添加剂和污染物的含量，确保食品安全。

2、哪些实验后续需要进行蛋白质鉴定？

● 免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，CoIP）：CoIP用于富集与目标蛋白质相互作用的蛋白质复合物。在CoIP实验中，一个特定的抗体用于富集与目标蛋白质结合的蛋白质，然后通过洗涤步骤去除非特异性的蛋白质，最后通过蛋白质酶解，获得用于质谱分析的肽段。

● 蛋白质修饰分析（Protein Post-translational Modification Analysis）：蛋白质修饰分析实验用于研究蛋白质上的修饰，如磷酸化、甲基化、乙酰化等。通过蛋白质修饰分析后，可以进行蛋白质鉴定，确定蛋白质上的修饰位点和修饰类型。

● 染色质免疫沉淀（ChIP，Chromatin Immunoprecipitation）：ChIP用于富集与染色质上特定的DNA序列结合的蛋白质。在ChIP实验中，染色质被交联并免疫沉淀，然后通过蛋白质酶解和DNA纯化，获得与目标DNA序列相互作用的蛋白质。

● 蛋白质复合物分离（Protein Complex Isolation）：蛋白质复合物分离实验用于富集并分离特定蛋白质复合物。通过蛋白质复合物分离后，可以进行蛋白质鉴定，确定蛋白质复合物中的组成成分。

● RNA结合蛋白质免疫沉淀（RIP）：RNA结合蛋白质实验用于富集与特定RNA分子相互作用的蛋白质。通过RIP后，可以进行蛋白质鉴定，确定与目标RNA结合的蛋白质，从而了解RNA的调控和功能。

● 亲和纯化（Affinity Purification）：亲和纯化实验用于富集含有特定蛋白质结合结构域或结合配体的蛋白质。通过亲和纯化后，可以对富集物进行蛋白质鉴定，确定与目标结合结构域或配体相关的蛋白质。

这些实验后续都需要进行蛋白质鉴定，通常使用质谱技术（如LC-MS/MS）来分析蛋白质样品，确定蛋白质的序列和修饰信息，从而揭示蛋白质功能和相互作用等生物学信息。

3、在LC-MS/MS（液相色谱-质谱/质谱）技术中，涉及到的一些专属名词和术语解析

● 液相色谱（Liquid Chromatography，LC）：液相色谱是将样品在液相中进行分离的技术，用于将复杂混合物中的化合物分离为不同的组分。

● 质谱（Mass Spectrometry，MS）：质谱是一种用于测量化合物质量和分析它们的结构的技术。在质谱中，化合物的分子会被电离，并根据它们的质量/电荷比（m/z）进行分离和检测。

● 离子化（Ionization）：是将化合物转化为离子的过程，使得它们可以在质谱仪中进行进一步的分析。

● 质谱仪（Mass Spectrometer）：质谱仪是用于测量离子质量的仪器，它可以将离子按质量/电荷比进行分离和检测。

● 质荷比（m/z）：质荷比是质谱中质量与电荷比的比值，通常用来标记离子在质谱图中的位置。

● 离子源（Ion Source）：离子源是将样品中的化合物转化为离子的装置，不同的离子源适用于不同类型的样品。

● 离子阱（Ion Trap）：离子阱是质谱仪中用于捕获和储存离子的区域，通常在质谱仪中进行离子激发和分析。

● 碎片谱（Fragmentation Spectrum）：在质谱中，离子可以经过碎片化，产生一系列碎片离子。碎片谱显示了这些碎片离子的相对丰度和质荷比。

● 数据依赖扫描（Data-Dependent Acquisition，DDA）：DDA是一种LC-MS/MS数据采集模式，它基于前一个MS扫描的结果，在特定的m/z范围内选择一定数量的离子进行进一步的MS/MS碎片谱采集。

● 数据独立扫描（Data-Independent Acquisition，DIA）：DIA是一种LC-MS/MS数据采集模式，它对整个m/z范围进行连续的MS/MS碎片谱采集，从而获得更全面的信息。

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