PRM

PRM

  • 靶向蛋白质组
  • PRM
  • 平行反应监测
  • 质谱领域的WB

服务特色

PRM(Parallel Reaction Monitoring)是一种基于质谱的靶向蛋白质组学技术,用于高通量、高准确性的定量分析目标蛋白质或肽段。通过选择预先定义的特定肽段进行定量监测,PRM提供了精确可靠的蛋白质定量结果,适用于生物学和医学研究中生物标志物发现、疾病诊断等应用。

服务介绍

靶向蛋白质组PRM( 平行反应监测, Parallel Reaction Monitoring),是一种基于高分辨、高精度质谱的靶向定量技术,能够对目标蛋白质/肽段(以及含有修饰的肽段)进行选择性检测,从而实现对目标蛋白质/肽段的精准定量。

服务优势

  • 高度准确的定量: PRM技术使用预先定义的特定肽段或蛋白质进行定量,避免了数据依赖采集(DDA)中的背景干扰和特异性问题,提供更高的定量准确性。
  • 高通量: PRM技术可以同时监测多个特定的肽段或蛋白质,因此在同一实验中可以实现高通量的定量分析。
  • 灵敏度: PRM技术使用高分辨率的质谱仪,可以在复杂样品中准确检测低丰度的肽段或蛋白质。
  • 可重复性: PRM技术具有良好的重复性,可以在不同实验之间进行可靠的比较和验证。
  • 无需同位素标记: PRM技术属于无标记的定量方法,避免了同位素标记带来的复杂性和成本。
  • 高特异性: PRM技术通过选择特定的肽段或蛋白质进行监测,具有较高的特异性,可以准确地定量目标蛋白质。
  • 多样性样本适用性: PRM技术适用于多种样本类型,包括细胞培养物、组织样本和体液等,广泛应用于生物学和医学研究。

服务流程

接收订单及样品
蛋白酶解
DDA模式建库
普图库优化
PRM数据采集
数据分析

客户提供

需要定量验证的生物样品;

检测的目标蛋白及DDA模式下的定量信息(定量结果的肽段、蛋白信息表);

样品信息单:需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息。

最终交付

  • 分析报告一份:包含实验流程,仪器型号、参数,试剂耗材,定量结果统计;
  • 定量结果文件:一般为excel表格;
  • 质谱原始文件:建库优化后的谱图库和PRM采集的wiff格式下机原始数据。

服务说明

产品类型 项目周期 技术指标 样本数量
PRM靶向蛋白质组 30个自然日 Thermo Q Exactive HF(X)系统,PRM定量蛋白质组 <20
20≤X≤50
>50

相关技术服务

蛋白鉴定                                ● 4D DIA定量蛋白组            ● iTRAQ/TMT定量蛋白组

● Label-free定量蛋白组            ● 翻译后修饰蛋白组              ● 糖蛋白质组学分析服务

相关资源

1、PRM的实验步骤,检索软件及常用数据库

(1) PRM实验步骤:

    ● 样品准备: 收集样品并进行蛋白质提取,可以是细胞培养物、组织样本或体液等。

    ● 消化和标记: 将蛋白质进行酶解消化,生成肽段,并根据需要进行同位素标记(如iTRAQ/TMT)或不标记。

    ● 液相色谱: 使用液相色谱(LC)分离肽段,以便在质谱中逐一进行分析。

    ● PRM质谱分析: 将分离的肽段通过质谱仪进行分析,选择预先定义的特定肽段进行监测。

    ● 数据采集: PRM质谱分析生成大量数据,包括肽段的质谱图和峰强度等信息。

    ● 数据处理和分析: 使用特定的PRM数据分析软件对采集的数据进行解析和定量,得到目标蛋白质的丰度信息。

    ● 结果解释: 根据分析结果进行生物学解释和统计分析,揭示蛋白质的定量变化和功能。

 

(2)PRM检索软件:

    ● Skyline:Skyline是一种用于定量质谱数据分析的开源软件,可用于PRM等技术的数据处理和解析。网址:skyline.ms/

 

(3)PRM常用数据库:

    ● UniProt:UniProt是一个全面、高质量的蛋白质序列和注释数据库,为蛋白质鉴定和功能注释提供宝贵资源。网址:www.uniprot.org/

    ● NCBI Protein:NCBI Protein是美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的蛋白质序列数据库,包含丰富的蛋白质信息和注释。网址:www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/

    ● PeptideAtlas:PeptideAtlas是一个蛋白质组学数据库,提供由质谱数据支持的已验证肽段和蛋白质信息。网址:www.peptideatlas.org/

    ● PRIDE数据库:PRIDE数据库是欧洲生物信息学研究所(EBI)提供的蛋白质组学数据库,包含大量原始质谱数据和蛋白质注释。网址:www.ebi.ac.uk/pride/archive/

 

2、PRM (Parallel Reaction Monitoring) 与WB (Western Blotting)的区别不同

属性

PRM

WB

定量

支持同时定量多个蛋白质或肽段

不支持高通量定量

灵敏度

高灵敏度

灵敏度相对较低

蛋白质修饰分析

可用于研究蛋白质修饰

主要用于研究蛋白质的总体表达水平和单一蛋白质表达变化

抗体使用

不依赖抗体

依赖特异性抗体的选择和验证

重复性

具有较好的重复性

重复性受抗体质量和实验条件影响

 

    PRM作为质谱领域的"WB",具有高通量、高灵敏度、高定量准确性等优势,可以突破传统WB的限制,广泛应用于蛋白质修饰分析、生物标志物研究等领域。但是PRM技术也存在一些局限性。例如,PRM的数据处理相对复杂,需要专门的软件进行分析和解释,对于初学者来说可能较为繁琐。

 

3、PRM(Parallel Reaction Monitoring)技术在蛋白质组学研究中有广泛的应用

    ● 生物标志物研究: PRM可用于鉴定和验证生物标志物,即特定蛋白质或肽段,作为疾病的诊断、预测或治疗反应的潜在指标。

    ● 药物研发: PRM可以用于定量检测蛋白质的药物靶点或候选蛋白质,帮助药物研发过程中的药物筛选和评估。

    ● 细胞信号通路: PRM技术有助于定量分析细胞信号通路中的蛋白质,从而揭示细胞调控机制和病理生理过程。

    ● 组织分析: PRM可用于定量研究组织样本中的蛋白质表达和变化,了解不同组织中蛋白质的分布和功能。

    ● 蛋白质修饰研究: PRM技术对于研究蛋白质的翻译后修饰(如磷酸化乙酰化等)在生理和病理过程中的调节具有重要意义。

    ● 生物学研究: PRM可用于分析生物样本在不同条件下蛋白质的表达和定量变化,深入了解生物学过程。

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