RNA pull down使用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过western blot实验检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用。 蛋白质与RNA的相互作用是许多细胞功能的核心，如蛋白质合成、mRNA组装、病毒复制、细胞发育调控等。若待检测目的蛋白明确，选择Western blot鉴定；若不明确，则可选择质谱鉴定。
LncRNA的富集大致上有三种方法: (1)探针法：针对该LncRNA的序列，设计生物素标记的探针。此种方法最关键的是探针的特异性，所以最好用Northern Blot检测探针的特异性。 可以结合内源的LncRNA是探针法的最大优势。缺点就是比较贵，需要的样品量大。 (2)生物素标记法：在LncRNA的5‘端加上T7启动子，利用体外转录试剂盒，可以制备大量的LncRNA。再通过生物素标记试剂盒，就能得到大量的生物素标记的LncRNA。常用的折叠的方法退火，从95℃退火到4℃，大约30秒一度就可以了。 (3)TRSA法：除了生物素，链霉亲和素还可以识别TRSA结构，因此在LncRNA的一端加上TRSA序列也是不错的选择。
可以，前提是circRNA在细胞中表达丰度要高。
有，探针法和生物素标记法的对照都是相应的反义序列：探针的反义序列以及长非编码RNA的反义序列。TRSA法的对照是TRSA序列本身。
RNA pull down实验的一大难点就是RNA本身易降解，所以过程中要禁止RNase,以防止降解。因此在整个实验过程中除了EP管、枪头、镊子这些常用的器具需要灭菌，所有试剂均需要DEPC·H2O配置并灭菌！处理后的耗材需要尽快用掉，超过两周则需要重新处理。操作台需要用RNaseZAP擦净，以去除环境中的RNA酶的影响。
背景深需考虑是不是SDS-PAGE染色时间过长或者抗体的质量问题，多克隆抗体经常会出现这种情况，最有可能的情况是样品中包含的非特异性蛋白太多了，针对这一点，有以下解决措施： (1)优化孵育时间、温度、盐浓度等条件； (2)优化缓冲体系，使用严谨性高的缓冲体系； (3)提高裂解液的质量。
可能的原因有以下几点： (1)选取的组织或细胞样品其中互作蛋白表达量很低； (2)体外转录得到的RNA降解或者不是全长； (3)Pull-down实验孵育时间不长。
可能的原因有以下几点： (1)选取的RNA序列不对； (2)样品中没有表达互作的蛋白质。 (3)互作蛋白浓度低，银染图肉眼观察不到差异条带。
质谱样品数量根据相应结果而定，合同中初定是2个样品，根据实际质谱数量多退少补。样品数量可以是1个，也可以是多个（含3个），不要轻易去承诺客户，一切以合同内容为准。
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