金开瑞目前使用的是ABSCIEX的5600 plus质谱仪和 Q Exactive™ HF 组合型四极杆-Orbitrap MS。仪器性能：1灵敏度高：达到高端QQQ的MRM的定量灵敏度；2高分辨：全质量范围内至少30000的分辨率；3高质量准确度：外标1 ppm；4超快的分析速度：扫描速度每秒一百张MS或MS/MS图谱，是其它高分辨质谱的5-10倍，达到三重四级杆MRM的扫描速度；5定量线性范围宽：超过4个数量级。

金开瑞蛋白质组学平台可接收的样本包括胶点/胶条、蛋白溶液、动物组织、植物组织、真菌、细菌、细胞样品、体液样品、血清/血浆等，还可接收石蜡切片等特殊样本。具体样本需求量和注意事项，请参考《金开瑞蛋白质组学样品准备注意事项》 细胞、组织、蛋白溶液、菌体等样品最好采用干冰运输，对于SDS-PAGE条带和2D点以及酶解好的肽段样品直接常温运输即可。可以理解为需要提取蛋白或提取好的蛋白样品（易降解）都需要低温运输，而处于凝胶中的蛋白或者是酶解好的肽段可常温运输。

可以大规模鉴定特定组织、细胞等各种样本的蛋白质种类、修饰状态以及蛋白质之间的相互作用，以及对这些蛋白质功能分析、分类； 可以对不同条件下某一特定样本进行大规模的蛋白质(包括翻译后修饰蛋白)表达量变化分析，筛选潜在biomarker，筛选重要信号通路； 依托大样本量，可以实现疾病的分子分型分析、重要潜在靶标鉴定。

两种方法侧重点不同，基于质谱的蛋白质组学技术一般是用来做高通量发现、筛选潜在biomarker、蛋白互作研究、大规模翻译后修饰水平研究；基于芯片的方法往往是大规模研究或验证已知蛋白蛋，做定量分析、蛋白互作分析等。前者属于无目的性的研究所有蛋白，然后筛选感兴趣蛋白。后者属于已经知道感兴趣蛋白，然后做进一步研究。

若有对应物种的全基因组并有预测的全蛋白序列库，可优先选择全蛋白序列库；若无全蛋白序列库，有对应物种对应组织（器官等）的转录组测序结果并，可以使用转录组的测序结果（mRNA三框翻译或者预测CDS，并翻译成氨基酸序列）；若基因组、转录组数据库都没有，优先选择同源性最接近的物种的全蛋白数据库，若近源物种没有合适的全蛋白库，则选择更大的蛋白全库（如动物全库、绿色植物全库、微生物库等）。

因为当前大量的物种已经测序，预测了相应的基因，未测序的物种可以通过近缘物种的基因序列作为数据库进行蛋白质组的研究。因此，一般来说，未测序物种可以考虑近缘物种的基因组序列作为数据库，可以做蛋白质组。

因抗体质量问题，IP实验本身存在假阳性，此种情况质谱能检测到目标蛋白的概率较低；若IP实验没问题，但质谱未鉴定到目标蛋白的可能原因有：① 目标蛋白与抗体结合不强，IP洗脱时因太过剧烈导致实际结合的目标蛋白非常少，达不到质谱要求的灵敏度；② 样品中存在高丰度污染蛋白，其信号覆盖了目标蛋白的信号，导致未能鉴定到。解决方案：调整IP实验，如更换抗体（不同厂家更换）、改变洗脱策略（由剧烈变缓和），实验过程严格控制操作环境，避免引入大量污染蛋白。

生物学重复是指不同生物个体或者不同生物群体的样品之间进行地相同处理而进行的实验，而技术重复是指同一样品进行的多次相同实验。举例：对来自三只健康小鼠A、B、C的血清样品分别各进行一次双向电泳，这三次双向电泳就是生物学重复；而取其中一只小鼠的血清样品进行三次双向电泳，或者将三只小鼠的血清混合后的样品进行三次双向电泳，这三次实验就是技术重复。总结生物学重复的样品来自不同的个体或者是群体，重复之间样品不同；而技术重复的几次实验的样品完全相同，可以来自单一个体，也可以是多个个体的混合样品，但用于重复实验的样品完全一样。

Label free需要进行三次重复，而iTRAQ、TMT一般也建议您做3次实验重复，如果实验方案后期设计了大量的验证实验如WB或ELISA等，最好做也能做两次重复；如果不进行重复实验后期的验证实验也少，在后期发表文章的时候结果可能会受到一些审稿人的质疑，从而影响文章的发表，特别是一些高分杂志较为突出。 如果是进行技术重复，各实验结果之间的数据重复性会更好，而生物学重复由于多种原因可能导致重复性与偏差或者不好，一般情况下Label free最好使用技术重复，这样有利于后续数据的分析，而其他是实验可以采用生物学重复或者技术重复。代谢组根据样品的不同选择合适的数量进行生物学重复。