分子动力学模拟服务

分子动力学模拟服务

  • 真实模拟
  • 动态追踪
  • 可视化

服务特色

我们提供专业的分子动力学模拟服务,支持从模型构建、参数优化到结果分析与绘图的全流程交付。依托自建高性能集群,确保海量算力与快速并行计算,同时签订严格保密协议,全方位保障您的科研成果与数据安全。

服务介绍

在原子尺度模拟生物大分子在生理环境下的动态行为,揭示其稳定性、柔性及构象变化。

服务优势

  • 真实环境模拟:水、离子、温度、压力
  • 动态过程追踪:RMSD、RMSF、PCA、FEL
  • 可视化动画:直观展示分子运动

服务流程

体系搭建(溶剂、离子、力场)
能量最小化与平衡
生产模拟
轨迹分析与动画生成

客户提供

初始结构(对接结果或实验结构)

模拟时长需求(ns级别)

关注区域(如活性位点、loop区)

服务说明

服务名称

服务内容

交付内容及标准 服务周期(工作日)
分子动力学模拟服务 体系搭建(溶剂、离子、力场)、能量最小化与平衡、生产模拟、轨迹分析、动画生成

交付内容:
• 平衡后初始结构文件
• 体系搭建参数及日志文件
• RMSD vs. 时间变化曲线图
• RMSF vs. 残基索引曲线图
• 结构柔性着色图(蓝低柔性,红高柔性)
• 回旋半径变化图
• 投影到主成分的二维/三维散点图
• 自由能形面图 (FEL)
• 高分辨率模拟轨迹视频 (MP4/AVI格式)

交付标准:
• 模拟时长50 -100 ns(根据体系调整)
• 确保体系达到平衡状态
• 提供完整的轨迹分析与可视化结果

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案例展示

分子动力学模拟

常见问题与解析 (Q&A)

Q:模拟多久才够?

一般建议50-200 ns,具体取决于体系大小与问题。

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