一般，菌体的形态有：平板培养菌、穿刺培养菌，甘油保存菌或新鲜菌液等。我们提倡寄送穿刺培养菌或新鲜菌液。   平板培养菌运送特别不方便，我们收到的一些平板培养菌的培养皿在运送过程中常常已经破碎，面目全非，需要用户重新寄样。这样既误时间，又浪费客户的样品。一旦是客户非常重要的样品时，其后果更不可设想。而甘油保存菌则容易污染。   制作穿刺菌时，可在1.5 ml的Tube管中加入琼脂培养基，把菌体用牙签穿刺于琼脂培养基（固体）中,37℃培养一个晚上后便可使用。穿刺培养菌在4℃下可保存数个月，并且不容易污染，便于运送。

(1) 扩增产物必须特异性扩增，条带单一。如果扩增产物中存在非特异性扩增产物，一般难以得到好的测序结果。   (2) 必须进行胶回收纯化。   (3) DNA纯化在1.6~2.0之间，浓度50ng/µl以上。

如果不进行胶纯化而直接用试剂盒回收，经常会导致测序出现双峰甚至乱峰。这主要是非特异性扩增产物或者原来的PCR产物去除不干净导致。大多数所谓的PCR"纯化试剂盒"实际上只是回收产物而不能起到纯化的作用。对于非特异扩增产物产物肯定是无法去除，而且通常它们不能够完全去除所有的PCR引物，这会造成残留的引物在测序反应过程中参与反应而导致乱峰。

PCR产物首先必须用Agarose胶电泳，将目的条带切割下，然后纯化。使用凝胶回收试剂盒回收。产物用ddH2O溶解。

对于测序用质粒DNA的一般要求：   (1) DNA纯度高，1.6~2.0之间，不能有混合模板，也不能含有RNA，染色体DNA，蛋白质等。   (2) 溶于ddH2O中，溶液不能含杂质，如盐类或EDTA等螯合剂，否则将干扰测序反应的正常进行。

我们使用水平琼脂糖凝胶电泳，并在胶中加入0.5ug/ml的EB，加入一个已知浓度的标准样品。电泳结束后在紫外灯下比较亮度，判断浓度和纯度。此方法可以更直接、准确地判断样品中是否含有染色体DNA、RNA等，也可以鉴别抽提的质粒DNA的不同构型。   质粒DNA的3种构型是指在抽提质粒DNA过程中，由于各种原因的影响，使得超螺旋的共价闭合环状的质粒（SC）的一条链断裂，变成开环状（OC）分子，如果两条链发生断裂，就变成线状（L）。这3种分子有不同的迁移率，通常，超螺旋（SC）迁移速度最快，其次是线状（L）分子，最慢为开环状（OC）分子。使用紫外分光光度计检测，或者用EB-标准浓度DNA比较法只能检测抽提到的产物中的浓度，甚至由于抽提的质粒DNA中含有RNA、蛋白质、染色体DNA等因素的干扰，浓度检测的数值也是没有多少意义的。

对测序引物的一般要求：   (1) 特异性与测序模板结合，不能有多于4个碱基以上的错配现象   (2) 不能含有混合碱基   (3) 长度17~25碱基   (4) 纯度高，最好PAGE纯化   (5) 用ddH2O溶解，不要用TE缓冲液溶解。

测序引物与待测样品DNA分子只能有一个结合位点是测序成功的关键。如果测序引物在DNA模板分子上有不只一个的结合位点，将造成测序反应过程中引物链在几个结合位点处同时扩增，反映在测序峰图上将出现双峰或乱峰，无法读取序列。

PCR产物测序出现套峰现象，一般有以下几种原因：   (1) PCR用模板不纯或PCR用引物特异性不好，扩增出的产物除了目的片段外，还有与目的片段长度相近的片段，即使用凝胶电泳也无法分离开，这样的PCR产物测序结果是套峰。   (2) 结构上的原因，造成了PCR产物测序出现套峰的现象。PolyA/G/C/T以及原因不明的复杂结构的存在，都会出现测序结果套峰的情况。