基因沉默实验siRNA设计和转染需要多久时间?
基因沉默实验中,siRNA设计和转染所需时间因具体情况而异,以下是大致的时间范围:
1、siRNA设计
生物信息学分析:使用相关软件或在线工具分析目标基因序列,确定合适的 siRNA靶点,一般需要 1-2 天。若对目标基因了解有限,还需额外时间进行基因结构、功能及表达特性等方面的研究,可能会增加 1-3 天。
序列筛选与验证:从预测的靶点中筛选出特异性高、脱靶效应低的 siRNA序列,并通过 BLAST 等工具进行验证,这一过程通常需要 1-2 天。若要设计多组 siRNA 进行对比实验,筛选和验证时间会相应增加,可能达到 3-5 天。
最终确定与合成下单:综合考虑各种因素后确定最终的 siRNA序列,并向公司下单合成,确定序列需 0.5-1 天,合成时间因公司和合成规模而异,一般化学合成需要 5-10 个工作日,若加急可能 3-5 个工作日可完成。
2、siRNA转染
细胞准备:培养用于转染的细胞,使其处于对数生长期,以保证细胞状态良好,利于转染。根据细胞类型和生长速度不同,细胞培养时间一般为 2-3 天,如 HeLa 细胞等生长较快的细胞,可能 2 天左右即可达到合适的转染密度,而一些原代细胞等生长较慢的细胞,可能需要 3-5 天甚至更长时间。
转染操作:包括配置转染试剂与 siRNA的混合液、将混合液加入细胞中等步骤,整个操作过程在熟练的情况下,大约需要 0.5-1 天。
转染后培养与检测:转染后需继续培养细胞,使 siRNA 发挥基因沉默作用,一般需要 24-72 小时后可进行相关检测,如检测mRNA 水平的变化可在转染后 24-48 小时进行,检测蛋白水平的变化可在转染后 48-72 小时进行。
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