细胞类型、细胞数量等方面,CUT&TAG 技术对样本的要求有哪些?
CUT&TAG 技术对样本的细胞类型、细胞数量等方面有以下要求:
1.细胞类型
来源广泛:理论上各种细胞类型均可用于 CUT&TAG 实验,包括悬浮细胞、贴壁细胞以及组织切片等。无论是动物细胞、植物细胞还是微生物细胞,只要能保证细胞的完整性和通透性,使抗体和酶能够进入细胞内发挥作用,都有可能适用该技术。
活性要求:细胞应保持较高的活性,死细胞或凋亡细胞可能会导致染色质结构改变以及蛋白 - DNA 相互作用的变化,从而影响实验结果的准确性。一般要求细胞活性在 80% 以上,最好能达到 90% 以上。
2.细胞数量
需求较低:CUT&TAG 技术的一大优势就是对起始细胞量的要求较低。通常情况下,几百个细胞就可以作为起始材料进行实验,但为了保证实验结果的稳定性和可靠性,一般建议使用 1000 - 10000 个细胞。
特殊情况:如果是进行单细胞 CUT&TAG 实验,则只需单个细胞即可,但实验操作难度较大,对技术和试剂的要求更高。
3.细胞状态
生长状态:细胞应处于对数生长期或健康的静止期,避免使用生长过度密集或营养不良的细胞。处于对数生长期的细胞代谢活跃,染色质状态较为稳定,有利于蛋白 - DNA 相互作用的研究。
处理方式:若细胞经过特殊处理,如药物刺激、基因编辑等,需要确保处理过程不会对染色质结构和蛋白 - DNA 相互作用产生不可逆的影响。同时,在实验前需彻底清洗细胞,去除残留的药物、培养基成分或其他可能干扰实验的物质。
4.样本保存
新鲜样本:新鲜采集的细胞或组织样本最好立即进行实验,以保证样本的生物学状态与体内情况一致。如果不能及时进行实验,可将细胞在合适的培养基中短暂培养维持其活性,或者将组织样本置于特殊的保存液中冷藏保存,但保存时间不宜过长。
冻存样本:对于需要长期保存的样本,可以采用冻存的方法。将细胞或组织在液氮中快速冷冻,然后储存于 -80℃冰箱或液氮罐中。但冻存和解冻过程可能会对细胞造成一定的损伤,影响实验结果,因此在使用冻存样本时,需要进行严格的质量控制和评估。
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