染色质免疫共沉淀定量PCR(ChIP-qPCR)检测服务

    染色质免疫共沉淀定量PCR(ChIP-qPCR)检测服务是验证蛋白质与DNA特异性互作的靶向定量技术服务，通过染色质免疫共沉淀（ChIP）结合实时荧光定量PCR（qPCR），精准检测目标蛋白在已知候选DNA序列（如启动子、增强子、远端调控元件等）上的结合丰度，可实现蛋白-DNA互作的定性验证与绝对/相对定量分析，核心适配表观遗传调控、转录因子结合、组蛋白修饰定位等科研方向，同时满足ChIP-seq结果靶向验证、分子机制深入解析等实验需求，提供从样本处理到结果交付的一站式标准化实验解决方案。

 

1、服务核心优势

    靶向性强，专为已知候选DNA位点设计，可精准验证蛋白与特定DNA区域的互作关系，是全基因组ChIP-seq筛选后的核心验证手段；

    灵敏度高，优化了染色质制备、免疫沉淀全实验体系，适配低起始量样本，可有效检测低丰度蛋白-DNA结合信号，qPCR定量精度控制在±5%以内，结果重复性好；

    质控严格，全程设置多重对照体系，包含Input对照、IgG阴性对照、阳性对照，层层排除非特异性结合、实验操作偏差等干扰，确保实验结果真实可靠；

    样本适配性广，支持哺乳动物细胞系、原代细胞、动物组织等常见样本类型，亦可承接植物组织样本的定制化处理，适配转录因子、组蛋白修饰、染色质重塑蛋白等各类靶蛋白检测；

    一站式全流程服务，覆盖样本接收、染色质提取与片段化、免疫沉淀、富集DNA纯化、qPCR检测、数据分析及结果报告全环节，客户仅需提供样本和核心实验信息，无需参与繁琐实验操作。

 

2、服务适用范围

    验证转录因子与靶基因启动子、增强子等调控区域的特异性结合及结合丰度；

    定量分析各类组蛋白修饰（如H3K4me3、H3K27ac、H3K9me3、H3K27me3等）在特定DNA区域的富集水平，解析表观遗传调控特征；

    鉴定染色质重塑蛋白、表观调控因子等与DNA的结合位点及互作强度；

    分析药物处理、基因敲除/过表达、环境胁迫等实验处理对蛋白-DNA互作关系的调控作用，包括结合的激活或抑制变化；

    ChIP-seq、酵母双杂交、EMSA等实验结果的靶向验证，进一步确认核心候选蛋白-DNA互作的真实性；

    解析分子调控机制中，蛋白-DNA互作作为关键环节的功能验证，为机制研究提供直接实验证据。

 

3、样本要求

    样本起始量：哺乳动物细胞系贴壁或悬浮细胞，每管最低起始量1×10⁶个，常规推荐5×10⁶个；原代细胞因活性及提取效率差异，每管最低起始量5×10⁶个，常规推荐1×10⁷个；动物组织需新鲜取材，每管最低起始量50mg，常规推荐100-200mg；植物组织需提前沟通定制化处理方案，每管最低起始量1g，常规推荐2-5g。

    样本处理与保存：样本收集后需用预冷PBS充分清洗，离心去除上清液，避免残留培养基、血液等杂质；随后加入适量预冷的细胞裂解液或专用冻存液，快速混匀后置于-80℃冰箱低温保存，严禁样本反复冻融，防止染色质降解、蛋白失活。

    样本运输：采用干冰低温运输，干冰用量需保证运输全程（≤72h）样本处于冷冻状态，运输过程中避免剧烈震荡，防止样本破损；若样本运输距离较远，建议增加干冰量并选择快速物流渠道。

    对照样本与配套信息：客户可同步提供同批次Input对照、同物种非特异性IgG阴性对照，本实验室亦可提供常规物种的IgG对照供选择；同时需准确提供目标蛋白名称/基因编号、物种来源、候选DNA结合位点的序列信息或基因ID，若有已发表的阳性对照位点信息，可同步提供以提升实验效率。

4、实验流程

    样本接收与质控：接收样本后对样本状态、浓度/量进行检测，确认样本无降解、无污染，符合实验要求后启动实验；

    染色质制备：将样本进行交联、裂解处理，通过超声或酶切法将染色质片段化为200-500bp的目标片段，经离心、纯化后获得合格的染色质样本；

    免疫沉淀：将染色质样本与靶向目标蛋白的特异性抗体进行孵育，通过蛋白A/G磁珠捕获抗体-蛋白-DNA复合物，经多次洗涤去除非特异性结合的杂质；

    解交联与DNA纯化：对捕获的复合物进行解交联处理，释放结合的DNA片段，经蛋白酶K消化、酚氯仿抽提、乙醇沉淀等步骤，纯化获得富集的目标DNA样本；

    qPCR检测：针对候选DNA位点设计特异性qPCR引物，同时对Input对照、IgG阴性对照等样本进行同步扩增，采用染料法或探针法进行实时荧光定量PCR检测，获取各样本的Ct值；

    数据分析：根据qPCR检测结果，计算各候选位点的DNA富集效率，以IgG阴性对照为基线校正非特异性结合，结合Input对照进行标准化，最终得到目标蛋白在各候选DNA位点的相对结合丰度；

    结果交付：整理实验原始数据、质控图表、数据分析结果，形成标准化实验报告，同步交付实验剩余样本及纯化后的DNA样本。

 

5、结果交付内容

    标准化实验报告1份，包含实验流程、试剂与仪器信息、样本质控结果、qPCR原始数据、Ct值统计表、富集效率计算结果、数据分析图表（如富集率柱状图、对照对比图等）及结果解读；

    qPCR实验原始数据文件，包括仪器导出的原始Ct值、扩增曲线、熔解曲线；

    实验剩余的未使用样本、纯化后的富集DNA样本，均按低温条件保存并返还；

    实验相关的引物序列、抗体信息、实验操作细则等配套资料。

 

6、服务周期

    常规样本（哺乳动物细胞系、动物组织）从样本接收合格到结果交付，全程实验周期为7-10个工作日；原代细胞、植物组织等定制化处理样本，或候选检测位点较多的样本，实验周期可根据实际情况协商调整，一般不超过15个工作日。