coIP实验需要保证足够的蛋白浓度才能维持原本存在的蛋白互作状态，尤其当蛋白丰度较低、相互作用力不强、使用不易提蛋白组织等情况时。而且coIP的实验条件往往需要反复摸索。因此用于coIP实验需准备细胞＞2x107，动物组织＞500mg，植物组织＞2g，并且须更加注意采集后速冻-80℃保存和避免反复冻融。

a.所使用的抗体不仅需要优秀的亲和力、特异性，其识别表位还可能被互作蛋白所掩蔽（主要是使用单抗时）； b.当蛋白互作须发生在特定生理代谢条件、组织细胞类型之中时，coIP实验可能无法获得互作结果； c.如果诱饵蛋白和或捕获蛋白在样本中丰度很低时； d.两个互作蛋白的亲和力较弱； e.当该蛋白互作需要较特定的离子强度，或者需要如Ca离子/Mg离子/ATP等辅因子时，要创造合适的反应条件会变得困难； f.一些样品处理提取存在难度，提取足量目的蛋白与保持蛋白天然状态，需通过实验条件达到优化平衡； g.外源表达的标签蛋白存在同内源蛋白的位点竞争，这主要在使用标签抗体进行实验时可能存在。

在coIP-WB鉴定结果中，IgG组无目的蛋白条带、IP组有目的蛋白条带，说明IP过程成功；银染胶图中，IP组相对于IgG组有更多蛋白条带、且存在差异，说明coIP过程捕获到互作蛋白；IP产物在质谱检测中鉴定到的蛋白数量不能作为判断实验成败的标准，因为这取决于目的蛋白本身所具有的互作蛋白数量、结合力强弱等方面；IP产物的质谱鉴定数量越多并不代表结果越好。

coIP所获取的样品，可以借助特异性抗体进行WB验证某种特定蛋白的存在（即认为互作蛋白），也可进行蛋白质谱鉴定找出互作蛋白，尤其当寻找未知互作蛋白时更需通过质谱分析。 直接用细胞组织内源蛋白进行实验发现的互作蛋白可能是通过其他蛋白形成复合物，当pull-down体系中仅有两个重组蛋白、仍然能存在互作时，说明这两个蛋白是直接互作而不是通过其他蛋白形成多聚复合物。 将蛋白进行分段阶段表达之后进行pull-down，可以分析发生互作的结构域；将蛋白进行突变后表达，可以分析互作发生的关键氨基酸位点。