多个（每组最多8个）来源不同的蛋白样品经过不同标签标记后，可以合并后同时进行质谱分析。在每个肽段二级质谱图上，相应每个样品的报告离子强度用以表征该蛋白在不同样品中相对含量的高低，而肽段碎片离子可用于蛋白的鉴定分析。是鉴定与定量同时进行的一种定量技术。