近几年生化、中药药理、化学生物、自身免疫疾病领域投稿审稿标准持续收紧，仅开展细胞、动物单一湿实验，或是只做分子对接、分子动力学纯计算模拟的稿件，越来越难冲击中科院一区、顶刊。 单纯湿实验只能观测细胞、动物表型，很难从分子构象层面解释靶点互作底层机制；而孤立的计算模拟仅停留在理论预测，缺少体外蛋白结合、细胞功能、体内药效多层真实数据支撑，极易被审稿人判定 “空洞、缺乏实验佐证”。 

干湿结合研究范式完美解决两大痛点：

以干实验（分子建模、虚拟筛选、分子动力学、生信数据库分析）提出科学假说、缩小筛选范围、预判分子互作模式；再依托多层湿实验（SPR/MST 生物物理结合验证、蛋白组 / 代谢组、细胞功能、基因编辑、动物模型）完成全链条验证，形成「计算预测 — 体外确证 — 细胞机制 — 体内药效」完整闭环证据链，也是当前高分期刊最青睐的写作框架。 本文精选5 篇 2026 年最新发表的高分文献，覆盖天然产物分子胶、肿瘤代谢靶点、RNA 共价小分子、中药抗转移单体、自身免疫激酶新药五大热门方向，拆解干湿结合完整研究思路，以供科研工作者参考实验设计、搭建课题研究路线。

01、第一篇｜SPR 联动降解组学与互作组学：天然分子胶标准化筛选体系

文献名称：An Integrated Approach Combining Surface Plasmon Resonance Screening with Proteomics Enables Discovery of Natural Molecular Glue Degraders 

期刊信息：JACS Au｜IF=8.5，

研究背景：

分子胶降解剂（MGD）是攻克大量 “不可成药” 靶点的核心工具，但传统筛选手段多依赖荧光标记蛋白，标记修饰极易改变蛋白天然空间构象，筛选假阳性高、通量受限。为解决该筛选瓶颈，本研究搭建一套 SPR 联合降解组、互作组（SPR-DI）一体化无标记筛选平台，以 VHL、Keap1 两类主流 E3 泛素连接酶为筛选载体，从天然产物化合物库中高效挖掘全新分子胶。

 

完整干湿实验体系

●干实验（计算模拟模块）

1.依托 AlphaFold 数据库搭建 VHL、Keap1 完整三维蛋白结构，完成结构优化；

2.对 393 种含 α,β- 不饱和羰基天然小分子开展批量分子对接，初筛与 E3 连接酶高亲和力候选化合物；

3.对对接阳性分子开展 100 ns 全原子分子动力学模拟，预判 E3 - 小分子 - 靶蛋白三元复合物能否稳定形成，解析氢键、疏水相互作用关键氨基酸残基；

4.将模拟输出的复合物构象作为参照，匹配后续 SPR 实测动力学曲线，辅助解读分子结合特征。

 

●湿实验（多层体外 + 细胞验证）

1.SPR 高通量无标记筛选：将 E3 蛋白固定传感芯片，批量测定各天然产物 Ka、Kd 结合常数，快速筛选高结合活性化合物；

2.双组学交叉筛选（核心创新点） 

降解组：小分子处理细胞后质谱检测全蛋白表达，筛选显著下调靶蛋白；

互作组：MG132 抑制蛋白酶体预处理，Co-IP 联合质谱捕获 E3 新增结合底物； 取两组数据交集，大幅剔除假阳性，锁定高可信度作用靶蛋白；

3.体外生化验证：MST 微量热泳动复现分子结合亲和力，TR-FRET 实验直观证明三元复合物组装；

4.细胞功能验证：HiBiT 荧光降解实验定量降解效率，Co-IP 复现细胞内三元复合物；

5.基因敲除细胞佐证：构建 VHL⁻/⁻、Keap1⁻/⁻缺失细胞系，证明小分子降解作用完全依赖对应 E3 连接酶。

 

文章核心创新点

过往分子胶筛选大多单独使用 SPR 或单一蛋白质组，容易出现大量假阳性候选分子。本研究采用「SPR 初筛 + 降解组 + 互作组双重过滤」一体化筛选流程，搭配分子模拟预判三元复合物潜力，大幅压缩湿实验筛选工作量。依托这套体系，研究成功筛选出雷公藤甲素、鬼臼苦素两类全新天然分子胶，分别作为分子胶促进 E3 连接酶与 IMP3/DDX52/LDHB 的三元复合物形成，从而诱导其降解，为天然产物靶向降解剂开发提供标准化流程。

SPR-DI全流程图文摘要

 

02、第二篇｜二氢丹参酮 I 靶向 PHGDH：抑制丝氨酸合成重塑肺癌免疫微环境

文献名称：Dihydrotanshinone I inhibits PHGDH to suppress serine synthesis and remodel TME in NSCLC

期刊信息：Phytomedicine｜IF=11.3 中科院一区天然药物顶刊 

 

研究背景：

磷酸甘油酸脱氢酶（PHGDH）是丝氨酸从头合成通路限速酶，在非小细胞肺癌组织中异常高表达，会驱动肿瘤增殖、诱导 M2 型抑制性肿瘤相关巨噬细胞浸润，形成免疫抑制微环境。目前临床尚无获批 PHGDH 天然来源抑制剂，丹参活性成分二氢丹参酮 I（DHT I）抗肿瘤活性已有报道，但直接作用靶点与完整代谢免疫机制尚不清晰。本文采用完整干湿结合链条，明确 DHT I 直接结合 PHGDH，阻断丝氨酸代谢并逆转肿瘤免疫抑制微环境，实现免疫联合增效。

 

完整干湿实验体系

●干实验（生信 + 分子模拟模块）

1.TCGA、GEO 多套肺癌临床数据库生信分析，验证 PHGDH 高表达与患者总生存期、无进展生存期不良预后显著相关；

2.AlphaFold 构建人源 PHGDH 完整三维蛋白结构；

3.分子对接筛选 DHT I 结合口袋，100 ns 分子动力学模拟稳定复合物构象，锁定 Arg236、Pro208 两个核心结合氨基酸；

4.计算配体 - 蛋白结合自由能，预测 DHT I 占据结合口袋后，阻断 PRMT1 介导的 PHGDH 精氨酸甲基化修饰。

 

●湿实验（临床样本 + 体外 + 体内多层验证）

1.临床样本验证：收集肺癌患者肿瘤、癌旁组织，IH、WB 检测 PHGDH 蛋白表达差异；

2.多重靶点结合验证：MST、CETSA、DARTS 三类互作实验共同证实 DHT I 与 PHGDH 直接结合，并占据其 Arg236 位点，从空间上阻断 PRMT1 介导的甲基化修饰；

3.定点突变实验：突变 Arg236/Pro208 位点后，分子结合亲和力显著下降，验证两个残基是结合核心；

4.体外酶活检测：梯度浓度 DHT I 剂量依赖性抑制 PHGDH 催化活性；

5.LC-MS 代谢组分析：检测细胞内丝氨酸、SAM 甲基供体等通路代谢物变化；

6.巨噬共培养模型：流式检测 M1/M2 巨噬细胞极化比例，ELISA 检测 IL-10、TGF-β 免疫抑制因子分泌；

7.单细胞 RNA 测序：解析荷瘤小鼠肿瘤内部免疫细胞亚群变化；

8.体内药效实验：LLC、A54 两种肺癌荷瘤模型，分别开展 DHT I 单药、DHT I 联合抗 PD-1 免疫治疗，评估肿瘤生长、骨组织损伤情况。

文章核心创新点

摆脱中药机制研究 “仅表型、无直接靶点” 的通病，搭建「临床生信预后预测→分子模拟锁定结合位点→多重体外蛋白互作验证→细胞代谢免疫机制→体内联合免疫治疗」完整干湿闭环。直接证实 DHT I 通过占据 PHGDH 结合口袋阻断甲基化修饰，从肿瘤代谢层面解释免疫微环境重塑机制，为丹参类天然产物抗肿瘤免疫课题提供完整可复刻研究模板。

PHGDH 与二氢丹参酮 I 分子对接、分子动力学模拟 3D 结合结构图

 

03、第三篇｜共价小分子靶向 NONO 蛋白：结构模拟联合生物物理验证 RNA 互作机制

文献名称：Structural and mechanistic analysis of covalent ligands targeting the RNA-binding protein NONO 

期刊信息：Cell Chemical Biology｜IF=9.0，Cell 系列一区化学生物学权威期刊

 

研究背景：

NONO 属于 DBHS 家族 RNA 结合蛋白，在多种肿瘤中异常高表达，通过调控基因转录、RNA 剪切促进癌细胞增殖，是极具潜力抗肿瘤靶点。但目前缺少高选择性靶向 NONO 共价小分子探针，NONO 与小分子、RNA 的动态结合构象难以通过单一生化实验解析。本文结合分子模拟与 SPR、化学蛋白质组多重生物物理手段，解析共价配体 (R)-SKBG-1 靶向 NONO 的分子机制。

 

完整干湿实验体系

●干实验（结构计算模块）

1.AlphaFold 结合已解析晶体结构，校正构建 NONO 同源二聚体三维完整模型；

2.分子对接预测共价小分子与蛋白 Cys145 半胱氨酸位点结合模式；

3.长时间分子动力学模拟，对比有无配体条件下 NONO RNA 结合口袋构象变化；

4.能量分解计算，明确 Cys145 是小分子共价修饰、调控 RNA 结合的核心功能残基。

 

●湿实验（生化 + 细胞功能验证）

1.体外重组蛋白纯化，SPR 定量测定配体与 NONO 结合 KD 常数；

2.ABPP 活性化学蛋白质组：全细胞层面验证小分子仅选择性修饰 NONO，无明显脱靶结合；

3.Cys145 定点突变实验：突变后配体结合能力大幅消失，佐证共价结合关键位点；

4.RNA pull-down 实验：验证小分子干预 NONO 与靶 RNA 的相互作用；

5.转录组测序：分析配体处理后肿瘤细胞基因转录改变；

6.细胞增殖、克隆形成实验，验证共价配体抑制肿瘤细胞增殖活性。

文章核心创新点

建立 RNA 结合蛋白共价小分子标准化干湿研究范式：虚拟筛选预测共价修饰位点→分子动力学解析构象变化→SPR + 化学蛋白质组双重靶点验证→RNA 互作功能细胞实验。清晰阐明小分子通过修饰 Cys145 改变 NONO 空间构象，增强NONO 与mRNAs 的结合能力，从而降低下游靶基因（如 ESR1、AR）的转录水平，为 DBHS 家族 RBP 靶向药物开发提供完整实验参考框架。

NONO - 配体 - RNA 复合物结构示意图

 

04、第四篇｜泽泻醇 B 靶向 TGFβ 受体：干湿结合解析抗肺癌转移机制

 

论文全称：Alisol B as a novel inhibitor of TβRs suppresses the growth and metastasis of non-small cell lung cancer by inhibiting TGF-induced epithelial–mesenchymal transition 

期刊信息：Phytomedicine｜IF=11.3，中科院一区天然药物顶刊

研究背景：

TGF-β 信号通路过度激活会诱导肿瘤上皮间质转化（EMT），促进肺癌侵袭、远处转移，TGFβR1、TGFβR2 是通路核心激酶靶点。泽泻中活性三萜成分泽泻醇 B（Alisol B）已有抗肿瘤表型报道，但直接作用激酶靶点尚不明确，多数相关研究仅停留在细胞迁移表型观测，缺少分子层面结合证据。本文依托干湿结合完整证据链，证实泽泻醇 B 直接结合两类 TGFβ 受体激酶口袋，阻断 TGF-β/Smad 信号通路抑制肺癌转移。

 

完整干湿实验体系

●干实验（生信 + 分子模拟模块）

1.肿瘤公共数据库筛选 TGFβ 通路与肺癌转移相关核心预后靶点 TβR1、TβR2；

2.AlphaFold 分别构建两种受体激酶域三维结构；

3.分子对接预测泽泻醇 B 结合 ATP 竞争性口袋，100 ns MD 模拟验证复合物稳定；

4.计算配体与激酶结合自由能，对比天然底物结合竞争力。

 

●湿实验（体外生化 + 细胞 + 动物）

1.SPR、CETSA、DARTS 三重体外互作实验，共同证明泽泻醇 B 直接结合 TGFβR1/TβR2；

2.体外激酶活性检测：梯度药物抑制受体自身磷酸化；

3.细胞功能实验：划痕、Transwell 侵袭实验检测 EMT、肿瘤迁移能力；

4.WB 检测 Smad2/3、E-cadherin、Vimentin 等 EMT 通路标志物蛋白表达；

5.裸鼠肺癌原位转移模型，给药后检测肿瘤体积、远处器官转移灶数量。

文章核心创新点

打破中药天然产物 “网络药理学空谈靶点” 写作痛点，不依靠单一生信预测，先用分子模拟锁定激酶结合口袋，再搭配三重体外蛋白结合实验做实直接互作证据，逐层递进开展细胞转移、体内动物实验，整套证据链完整严谨，非常适合中药抗转移机制课题直接借鉴。

泽泻醇 B 与 TGFβR1/TGFβR2 蛋白分子对接结合模式图

05、第五篇｜Pim1 激酶为炎症性关节炎治疗靶点：干湿结合挖掘老药尼洛替尼

论文全称：Pim1 Serves as a Therapeutic Target for Inflammatory Arthritis via Mitochondrial Metabolism 

期刊信息：Research｜IF=11.0，综合性生物医学一区期刊

研究背景

类风湿关节炎、强直性脊柱炎均属于慢性自身免疫炎症疾病，病理核心是 CD4⁺ Th17 细胞异常分化，介导关节炎症浸润、软骨与骨破坏。丝氨酸 / 苏氨酸激酶 Pim1 参与 T 细胞炎症调控，但它通过线粒体代谢调控 Th17 分化的完整通路尚不清晰，也缺少安全可用于关节炎的靶向药物。本文结合临床生信、分子虚拟药物筛选与多层次体内外实验，证实 Pim1 通过磷酸化 MICU1 增加线粒体钙内流，进而激活氧化磷酸化（OXPHOS）代谢重编程，促进致病性 Th17 细胞分化，并筛选 FDA 上市药物尼洛替尼作为新型 Pim1 抑制剂，用于炎症关节炎干预。

 

完整干湿实验体系

●干实验（临床生信 + 分子模拟模块）

1.临床 RA、AS 患者外周血及滑膜组织CD4 + T细胞转录组分析，Pim1 在患者 CD4⁺ T 细胞中显著高表达，与疾病活动度正相关；

2.AlphaFold 构建人、小鼠两种 Pim1 激酶三维结构；

3.FDA 上市小分子药物库批量分子对接，初筛 4 种潜在结合候选；

4.50 ns 分子动力学模拟，通过 RMSD、RMSF 评估各配体与 Pim1 复合物稳定性，筛选最优候选尼洛替尼；

5.计算激酶 - 配体结合自由能，对比结合亲和力强弱。

湿实验（临床样本 + 细胞 + 基因编辑动物）

1.临床样本免疫荧光、WB 检测患者滑膜 CD4⁺ T 细胞 Pim1 蛋白表达；

2.基因编辑模型：构建 CD4 特异性 Pim1 条件敲除（Pim1 cKO）小鼠，诱导关节炎后关节炎症、Th17 比例显著下降；

3.体外 CD4⁺ T 细胞分化模型：Pim1 过表达 / 抑制剂 AZD1208 干预，验证 Pim1 促进 Th17 分化；

4.线粒体功能检测：TMRE 膜电位、Rhod-2 线粒体钙荧光、Seahorse 氧消耗速率 OCR，明确 Pim1 调控氧化磷酸化；

5.Co-IP 实验：证实 Pim1 与线粒体钙转运蛋白 MICU1 直接结合并介导其磷酸化；

6.体外激酶实验：尼洛替尼可直接抑制 Pim1 激酶催化活性；

7.CIA、SKG 两种经典关节炎小鼠造模，分别给予尼洛替尼单药治疗，Micro-CT、组织病理评估关节骨侵蚀、炎症浸润；

8.靶点回补验证：在 Pim1 敲除小鼠体内给药，尼洛替尼无治疗效果，证实药物作用完全依赖 Pim1 靶点。

文章核心创新点

自身免疫代谢转化医学标杆干湿范式：从临床样本发现靶点差异→分子虚拟筛选上市老药→线粒体代谢分子机制解析→两种基因编辑动物模型验证药效。将分子药物虚拟筛选与 T 细胞线粒体钙代谢机制深度结合，无需全新化合物合成，直接挖掘临床可用老药，兼具基础机制研究与临床转化价值。

Pim1的分子对接和分子动力学模拟

做好干湿结合高分论文的 3 个核心实操要点

➤干、湿实验不可割裂，构建双向证据闭环 切忌计算模拟一段、细胞动物实验一段，二者毫无关联。标准逻辑有两条： ① 干实验（生信 / 模拟）提出分子结合、通路调控假说，多层湿实验从蛋白、细胞、体内逐层验证猜想； ② 湿实验观测到细胞 / 动物表型差异后，回溯分子模拟解析微观构象、代谢层面底层机制，二者数据相互印证，审稿人认可度大幅提升。

➤强化定量数据对照，减少 “空谈机制” 分子模拟输出结合自由能、构象波动趋势，需要与 SPR、MST 实测 KD、酶活定量、Seahorse 代谢数值等湿实验定量结果做趋势匹配。模拟预测趋势与体外实测数据保持一致，能极大削弱审稿人对 “纯模拟无实证” 的质疑。

➤课题前期同步规划干湿实验方案 不要先做完所有细胞、动物湿实验，后期临时补分子模拟凑文章。开题阶段同步设计计算与体外实验路线，利用分子虚拟筛选缩小化合物、靶点范围，节省大量湿实验耗材与人力成本，整套研究叙事逻辑会更加流畅完整。

做湿结合研究，最怕干实验和湿实验脱节——分子对接算完没人做SPR验证，SPR跑完没人帮忙解析构效关系。金开瑞生物打通了这条链路：计算生物学团队承接分子对接、分子动力学模拟、结合自由能分析，分子互作平台提供SPR/MST/BLI、Co-IP、GST pull-down、等全套湿实验验证，从虚拟筛选到体外结合数据，一站交付，数据无缝衔接。截至目前，金开瑞已支持客户发表科研论文2000+篇，累计影响因子12000+。想做干湿结合？从计算到验证，找金开瑞就够了！