干燥制品如能存放于-80℃是最理想的，如不能请于-20℃保存，保存2年没问题。 溶液状态的RNA最好保存在-80℃，如无条件，请保存于-20℃。

通常ChIP过程产生3份DNA产物，Input、IgG产物、IP产物。Input是染色质片段化后提取获得的总DNA、未经抗体加入免疫沉淀过程，IgG组这是用实验抗体的同型阴性对照抗体、作为mock IP，IP产物即是以实验抗体获得的免疫沉淀产物。 在后续的qPCR检测中，通常将IgG产物组作为IP产物组的对照。如需设置阳性对照抗体，可以选择Histone H3或者RNA polymerase II，然后以GAPDH或Actin等作为检测基因。 在后续的Sequence中，通常将Input组产物作为测序对照样品。

取材后新鲜组织须于-80℃保存，干冰运输。动物组织＞100mg，细胞数＞106，植物组织＞0.5g、幼嫩组织为宜，避免反复冻融。当检测基因数较多时样品质量须随之增加。