EMSA是用特定序列的标记探针，同待验证蛋白孵育后进行native-PAGE凝胶电泳，如果存在同探针结合的蛋白，则会出现电泳迁移率明显低于自由探针的条带出现。 DNA pull-down是将探针结合在凝胶/磁珠上，以此收集同该DNA探针发生互作的蛋白。ChIP实验中所检测的DNA-蛋白互作则发生在活组织细胞内。