Q:ATAC-seq与ChIP-seq等其他表观遗传方法相比如何?
ATAC-seq能够捕获所有的开放染色质区域,而不仅仅是那些与特定因子结合的区域,它能够寻找样本内的表观遗传变化。对于具有已知序列结合基序的蛋白质,可以逐个细胞地识别在开放染色质中富集到哪些基序。
Q:ATAC-seq可以使用冷冻样本吗?
冷冻细胞:需解冻后立即裂解,分离细胞核(冻存可能导致核膜损伤,需优化裂解时间)。 组织样本:需机械/酶解离后过滤去除碎片,通过蔗糖梯度离心纯化细胞核。
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