miRNA靶基因的预测与验证

    长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)指的是长度超过200nt的RNA分子。它们不编码蛋白，位于细胞核或胞质内，具有保守的二级结构，可与蛋白质、DNA和RNA相互作用，通过多种机制（如基因印记、染色质重塑、细胞周期调控、剪接调控、mRNA降解和翻译调控等）在多种层面上（如表观遗传学、转录调控及转录后调控等）调控基因的表达水平。

    lncRNA参与多种生物学过程的调控，在多种生命活动中发挥重要作用，该领域的关注度也日益增高，已成为继信使RNA(mRNA)、小RNA(microRNA、siRNA等)之后功能基因组学最火热的研究领域。

 

服务内容

1、确定lncRNA表达

    利用q-PCR技术检测lncRNA在不同组织中的表达水平。

2、探究lncRNA特点

  （1）通过QD-FISH原位杂交技术定位；或者通过细胞核质分离试剂盒得到RNA，qRT-PCR检测其分布；

  （2）全长序列试验方法：通过RACE得到lncRNA完整的全长序列。

3、lncRNA的功能研究

    lncRNA较长，承载的信息量多，更容易形成高级结构，其功能具有多样化和特异性强的特点。类似于miRNA，探讨lncRNA功能可用 gain/loss of function 策略，过表达或沉默lncRNA后观察表型。即研究lncRNA功能获得后或者功能缺失后对细胞增殖、凋亡、侵袭、转移与克隆形成，以及病毒的转录复制等的影响。

    （1）功能获得性研究

        构建lncRNA过表达质粒或者慢病毒、腺病毒包装载体。

    （2）功能缺失性研究

        siRNA、shRNA、CRISPR/cas9。

4、检测结合蛋白质

    利用体外转录，RNA pull down, MS等技术手段检测与RNA绑定的蛋白质。

5、预测并验证作用的miRNA

    利用软件预测miRNA在lncRNA的作用靶点，并进行验证。

6、表达调控

    将lncRNA表达与其他领域相结合，解释其调控机理。（1）DNA甲基化和乙酰化：可通过检测相应基因甲基化、乙酰化差异与lncRNA结合分析。（2）转录因子：研究lncRNA与转录因子的调控机制。